La historia de cómo los Cuentos de Canterbury llegaron a nosotros no está exenta de complicaciones. Los especialistas no saben del todo si la versión que tenemos se trata de un texto completo, y la historia de sus versiones y reescrituras es larga y accidentada. La primera edición impresa por William Caxton en 1478 se basó en un manuscrito ahora perdido y, de los que actualmente sobreviven, algunos incluyen copias que contienen todos los cuentos, pero otros son fragmentarios y unos pocos solo contienen alguno de los cuentos. No ha sido posible encontrar un manuscrito que date del periodo de la vida de Chaucer, lo que significa que todos se escribieron entre 1400 y la época de Caxton, el primero en llevar la imprenta a Inglaterra, alrededor de cincuenta años después.
Estos manuscritos se suelen diferenciar en dos grupos que presentan versiones diferentes de los Cuentos de Canterbury: se conocen como los manuscritos de Ellesmere y los de Hengwrt, respectivamente. El manuscrito de Ellesmere contiene la versión más completa que tenemos. Es de muy buena calidad, y uno de sus principales atractivos son las lujosas ilustraciones y decoraciones de sus páginas. El manuscrito Hengwrt se encuentra menos completo que el de Ellesmere, y sus relatos están organizados de un modo distinto. Hecho de vitela, una superficie para escribir realizada con piel animal, se encuentra manchado, y las alimañas han devorado una extensión importante de sus páginas.
Aunque los editores suelen seguir el orden presentado en Ellesmere, el texto de Hengwrt se considera mejor. Por este motivo, es usual que las ediciones contemporáneas presenten un texto basado en gran medida en Hengwrt, pero ordenado según Ellesmere.