En el cielo, Mefistófeles desafía a Dios. Sostiene que Fausto, un erudito en busca de conocimientos trascendentales, acabará desviándose del camino que Dios espera para él. Mefistófeles asegura que, de su mano, Fausto se alejará de la moral cristiana para siempre. Dios cree lo contrario, pero cede a que Mefistófeles intente cumplir lo que asegura.
En su estudio, Fausto está desesperado por la insuficiencia de los conocimientos que ha aprendido, ya sean religiosos, científicos, filosóficos. Se vuelca a la magia en busca del conocimiento infinito, pero nada da resultado. Frustrado, considera el suicidio, pero cuando está por envenenarse lo distrae un coro angelical que anuncia el inicio de la Pascua. El protagonista va a dar un paseo con su compañero de estudios, Wagner. En el exterior, admira la simpleza de la vida campesina, inmersa en el mundo natural. Al volver a casa, es seguido por un perro negro.
Ya otra vez en el estudio de Fausto, el perro se transforma y se revela como Mefistófeles. Tras una larga conversación, Fausto acaba haciendo un pacto con él: Mefistófeles le otorgará, en la Tierra, la plenitud que el protagonista anhela, y, a cambio, Fausto servirá al diablo en la eternidad. Mefistófeles le pide que selle el pacto con una gota de su sangre.
Acompañado por Mefistófeles de aquí en adelante, en un momento Fausto conoce a Margarita. Ella es una joven puramente religiosa, de vida sencilla y gran bondad. Fausto se siente atraído por ella y Mefistófeles le otorga joyas y arma situaciones para que Fausto la seduzca. Finalmente, el protagonista logra poseer a la joven.
La madre de Margarita muere por culpa de una poción que Fausto le dio a su amada para que duerma a la señora y así lograr mayor intimidad. Margarita queda embarazada de un hijo ilegítimo, puesto que es soltera, lo cual, en su contexto social e ideológico, es merecedor de la peor condena. Su hermano Valentín, soldado vuelto de la guerra, desprecia a Margarita por su indiscreción, y luego muere en una pelea a manos de Fausto.
Mientras Fausto se distrae con espectáculos que le proporciona Mefistófeles, Margarita, desesperada, ahoga a su hijo y es condenada a muerte por el asesinato. Fausto intenta salvarla yendo a liberarla de la prisión, pero ya es tarde. Margarita está presa de la locura y se niega a escapar. Finalmente, muere en brazos de Fausto.
