Los pasos perdidos es una novela dividida en seis capítulos en la que el protagonista narra el viaje que realiza a la selva latinoamericana en busca de los instrumentos musicales que aún no han sido registrados en el museo organográfico de la universidad en la que había estudiado de joven.
La vida del protagonista se perfila como una repetición tediosa de las mismas acciones día tras día. Harto del sinsentido que lo embarga, de la relación anestesiada que sostiene con su mujer e impulsado por su amante, una artista y astróloga decadente, el narrador decide aceptar un encargo que le hace su antiguo tutor de la universidad, el Curador, y partir hacia Latinoamérica con el objetivo de internarse en la selva venezolana hasta hallar los instrumentos musicales de los pueblos primitivos que siguen viviendo en la región.
Sin dilaciones, llega a la capital (Caracas, aunque en ningún momento de la novela se especifican los nombres de las grandes ciudades) junto a Mouche, su amante. Poco tiempo después de llegar, una revolución armada los mantiene encerrados en el hotel por varios días. Cuando la revolución se aplaca, los personajes viajan a Los Altos, un pueblo en el interior al que han sido invitados por una amiga que Mouche se ha hecho en el hotel. De allí parten en autobús hacia la selva.
El primer día de viaje se topan con una mujer que aparece inmóvil a un lado del camino. Se trata de Rosario, una bella mujer de la selva de la que el protagonista se enamora paulatinamente. Esa noche, cuando descansan en la posada, el narrador habla con Rosario y luego comienza a recordar su pasado tras escuchar en la radio la Novena Sinfonía de Beethoven. A partir de este momento de la narración, el protagonista realizará una regresión temporal progresiva hacia su infancia, que encontrará su correlato en la atemporalidad de la selva en la que se internan.
Luego de días de viaje y de recorrer algunos pueblos selváticos, la relación deteriorada entre Mouche y el protagonista llega a su fin cuando éste sostiene relaciones con Rosario frente a su amante, quien se encuentra postrada y convaleciente debido al paludismo que ha contraído en la selva. Sin remordimientos, el narrador envía a Mouche de vuelta a la ciudad junto a un doctor, y él continúa el viaje selva adentro junto a Rosario.
En su periplo lo acompañan el Adelantado, un personaje que ha fundado una ciudad en la profundidad de la selva, y Yannes, un minero griego que anda en busca de oro. Así, el narrador llega hasta una aldea nativa donde encuentra los instrumentos que había ido a buscar y contempla también el ritual funerario de un hechicero. Este evento lo conmueve profundamente y le da una nueva noción del origen de le música.
Tras este encuentro, e impulsado por la dimensión mítica y atemporal que descubre en la selva, el protagonista decide continuar su viaje hasta la ciudad del Adelantado. Allí se instala junto a Rosario y experimenta la vida en un entorno que, por primitivo, se le hace primordial y cargado de sentido. En aquel contexto regresa la inspiración que había perdido en su juventud y comienza a componer una obra musical en torno a un pasaje de La Odisea. Semanas después, sin embargo, lo encuentran dos aviadores que han estado buscándolo debido a la recompensa que su gobierno ha ofrecido a quien lo trajera de vuelta a la capital occidental.
El narrador decide volver con los aviadores para poder acopiar los insumos necesarios para seguir escribiendo y para tramitar el divorcio con su mujer. Sin embargo, el proceso se complica cuando ella se entera de que ha hecho todo aquel viaje con una amante y que su deseo de regresar está impulsado por otra mujer que ha dejado en la selva. Para evitar el regreso de su esposo a la selva, la mujer decide retrasar el divorcio lo máximo posible, lo que termina por arruinar al narrador, quien pierde su trabajo y debe mudarse a una pequeña pensión.
Finalmente, el divorcio se concreta y el protagonista vuelve a la selva. Sin embargo, no llega hasta la ciudad del Adelantado, porque los ríos están crecidos y no logra encontrar el cauce indicado. Mientras espera a que las aguas bajen, se encuentra con Yannes, el minero griego, quien le dice que ha estado en la ciudad del Adelantado y que Rosario se ha vuelto a casar y espera un hijo de Marcos, el hijo del Adelantado.
Desolado por aquella noticia, el protagonista no encuentra motivos para proseguir su viaje, y termina acompañando a Yannes en su búsqueda de piedras preciosas en la selva.
