La música es un elemento fundamental en Los pasos perdidos y atraviesa toda la novela, desde su temática hasta su estructura. Alejo Carpentier utiliza el recurso de un narrador protagonista que ha dedicado su juventud al estudio de la teoría musical para hacer gala de sus propios conocimientos y plasmar sus teorías e intereses musicales en la novela.
El argumento de la obra gira en torno a la búsqueda de instrumentos musicales primitivos que el museo organográfico de una universidad de la capital occidental (probablemente Nueva York) quiere agregar a su colección. Esta tarea le es encomendada al narrador protagonista por varias razones: en primer lugar, porque es una personaje joven, capaz de realizar un viaje prolongado a la selva latinoamericana y comunicarse sin problemas, ya que habla español gracias a su herencia caribeña. En segundo lugar, en sus años de estudiante, el personaje había desarrollado una teoría sobre el origen mimético rítmico de la música, y el contacto con los pueblos primitivos podría servir para probarlo.
Este trasfondo musical se manifiesta de forma constante en las reflexiones y las descripciones que hace el narrador de todo aquello que le toca vivir: la música es un elemento que sobresale cada vez que debe presentar al lector el contexto en el que se desarrolla la acción de la novela. Así, toda la narración abunda en referencias a compositores y obras famosas, en descripciones de orquestas, de instrumentos musicales y de ejecuciones de diferentes piezas. En todas las apreciaciones que realiza el narrador destaca un contrapunto entre la música barroca y la romántica.
La música tiene también un gran papel en destacar la diferencia entre la ciudad y la selva. Carpentier cita a varios compositores y sus obras a través de la novela, pero especialmente se enfoca en la música romántica, y siempre en forma negativa. Esto le ayuda a establecer la importancia de la música —y la escritura— barroca. En general, se relaciona la música barroca con la selva, mientras la música romántica es más prominente en la ciudad. A través de su viaje, el narrador escucha varios tipos de música y, a medida que se aleja de la ciudad y entra en la selva, escucha cada vez más música barroca.
A lo largo de toda la novela, la pieza romántica que más destaca es la Novena Sinfonía de Beethoven, por la que el narrador manifiesta una profunda aversión. Esta es, sin duda, la obra más famosa de Beethoven, particularmente conocida por su último movimiento: el "Himno a la alegría.” Esta obra —la última de Beethoven— provocó una especie de escándalo público cuando se estrenó por primera vez porque cambió radicalmente las normas establecidas por la música clásica. Para el narrador, la Novena Sinfonía representa la máxima concreción de lo sublime romántico, y produce en el siglo XX una determinada sensibilidad contradictoria en Europa, preparando el terreno para las grandes dictaduras que derivaron en la Segunda Guerra Mundial. Con este trasfondo, dicha sinfonía se transforma desde la perspectiva del protagonista, en una muestra del fracaso de todas las esperanzas de la humanidad; así lo manifiesta cuando recuerda a los soldados nazis cantando el "Himno a la alegría (el último movimiento de la sinfonía) en un campo de concentración, tras haberse completado la jornada de trabajo dedicada al exterminio de los prisioneros.
El otro aspecto importante de esta novela en relación a la música es la estructura y la manera en que se paralela una orquesta sinfónica. Según declara Carlos Fuentes en La nueva novela hispanoamericana, “La ‘orquesta,’ en las narraciones de Carpentier, serían esos elementos tradicionales que él lleva a su patente culminación. El piano es una intriga levemente modulada, un hilo que nos conduce, dentro de un tiempo circular, a la búsqueda de un origen que puede ser un final” (citado en Backes, 2007: 16). A lo largo de la novela aparece el piano muchas veces, y el narrador escucha y comenta sobre lo que toca el pianista. Carpentier cita varios ejemplos del piano, incluyendo un rondó clásico, “Les barricades mysterieuses,” la “Quinta Sinfonía” de Beethoven y aun el “Himno a la alegría”. A través de esta repetición continua, el piano destaca como la base de la orquesta en la novela de Carpentier.
Además del piano, la orquesta se completa en la estructura narrativa con una sección de bronces, una de vientos y otra de percusiones. Según fuentes, “Los bronces son esa presencia sensual de la naturaleza” (citado en Backes, 2007: 17); la naturaleza tiene un papel privilegiado a través de la novela, y a ella están dedicadas las descripciones más plásticas y exquisitas. A su vez, conforme avanza el viaje del protagonista, la selva se transforma en un lugar sagrado, venerado, pero todavía extraño y amenazante. En una orquesta, los bronces son la sección que toca todas las partes que requieren una voz fuerte. Normalmente no tocan la melodía sino que la acompañan, y anuncian los cambios estructurales y emocionales a través de la composición. De esa manera, la naturaleza y los cambios que ocurren en ella anuncian cada etapa del viaje del narrador.
Los vientos y las cuerdas pueden incluirse en la misma sección, ya que ambos cumplen un papel similar en la orquesta: el de contar una historia. En las sinfonías, ambos tocan la mayoría de la melodía, no son ni tan agresivos ni fuertes como los bronces y sus sonidos son variables. Fuentes considera que los vientos y las cuerdas son los personajes de la novela cuyo papel es contar una historia. En Los pasos perdidos, cada personaje tiene una historia que contar, y la suma de voces forma la melodía que aprende el narrador a lo largo de su viaje.
Finalmente, Fuentes sostiene que las percusiones representan la historia por el “descubrimiento y conquista, tiranía y resistencia, revolución” (citado en Backes, 2007: 17). En la sinfonía, los percusionistas normalmente tocan ritmos bastante simples, pero a veces hay momentos en que tienen una parte complicada con bombos, címbalos, campanillas y triángulos, todo a la vez. Por eso no hay simplemente un percusionista, sino una sección entera de ellos. En cualquier sinfonía, los ritmos que tocan los percusionistas acompañan —y llevan a cabo— la marcha hacia el gran movimiento final. En la obra de Carpentier, las percusiones están representadas en la historia de cada lugar, desde las revoluciones políticas de las ciudades latinoamericanas hasta la ceremonia fúnebre en la selva y la conexión con el pasado primitivo de la humanidad.
Todos estos elementos mencionados, el piano continuo, la naturaleza, los personajes y la historia latinoamericana, se juntan para hacer de Los pasos perdidos un tipo de orquesta literaria, cuyo director es, por supuesto, Carpentier. Con tantos cambios en el tiempo narrativo, la lectura llega a parecer una sinfonía barroca.
