El esclavo narra las experiencias de Jacob luego de la matanza de Jmelnitski, que tienen lugar en Polonia a mediados del siglo XVII. La novela está organizada en tres partes: "Wanda", "Sara" y "El regreso". Las primeras dos refieren al cambio de identidad del amor imposible del protagonista, mientras que la tercera opera como un epílogo.
Jacob es un hombre judío esclavo de Jan Bzik. Unos bandoleros cosacos lo vendieron luego de que escapara de su pueblo natal, Josefov. Vive en un establo a lo alto de una montaña y todos los días recibe la visita de Wanda Bzik, la hija de su amo. Ella está profundamente enamorada de él, pero Jacob no consiente una unión amorosa: Wanda es una gentil, es decir, una mujer no judía. Sin embargo, ella se destaca en su comunidad, ya que parece “una señorita de ciudad" (p.18) frente a los salvajes campesinos. A Jacob le cuesta entender cómo Dios permite que los hombres del pueblo cometan atrocidades de idólatras, pero tampoco encuentra respuesta cuando se pregunta por qué le toca ser esclavo.
Los habitantes del pueblo sospechan que Jacob pueda ser en verdad un hechicero. El irresponsable cura del pueblo, Dziobak, advierte que hay que matarlo en nombre de Dios. Jacob, mientras tanto, se impone penitencias y castigos para dejar de desear a Wanda. Sus métodos se demuestran inefectivos cuando ella debe pasar la noche en el establo por una tormenta y tienen relaciones.
Wanda trama un plan para escapar con Jacob que incluye hacerse pasar por judía, por lo que empieza a tomar lecciones sobre religión con él. Ella se hace preguntas tan incisivas como él. Una noche, su padre muere. Ya no existen impedimentos para que los campesinos maten a Jacob. Poco después, Reb Zakolkower, un judío poderoso del pueblo natal de Jacob, viaja a rescatarlo y llevarlo de vuelta a Josefov. Wanda no está presente cuando Jacob se va.
En Josefov, Jacob descubre que solo su hermana y su sobrina sobrevivieron a la matanza. Su esposa, sus tres hijos y sus padres fallecieron. Las autoridades del pueblo lo designan docente y hasta conciertan un matrimonio con una viuda de un pueblo cercano, pero Jacob extraña mucho a Wanda. Ella se le aparece en un sueño, embarazada, preguntándole por qué la dejo. Al despertar, Jacob cae en cuenta de que “Los judíos lo habían rescatado, pero él seguía siendo esclavo” (p.99): esclavo de su amor por Wanda. Resuelve volver al pueblo para estar con Wanda y cuidar a su hijo de los idólatras.
Cuando la encuentra, Wanda le revela que no está embarazada, y que practicó brujería para atraerlo. Jacob igualmente se casa con ella y se mudan juntos al pueblo de Pilitz. Wanda toma un nuevo nombre, Sara, y finge ser sordomuda ante los habitantes de Pilitz. Dado que todavía no domina la lengua yiddish, si hablara correría el riesgo de que se enteren de que es una gentil. Cumple con los deberes de las mujeres judías y pronto queda embarazada. Todas las noches Jacob le enseña religión, aunque ella secretamente no abandona sus creencias paganas.
A Sara le cuesta disimular su sordera con las mujeres de Pilitz, que delante de ella la injurian. Un día ve a Jacob intercediendo en un conflicto entre Pilitzki, el conde, y Gershon, el administrador y rabino, en la plaza del pueblo. Como piensa que su esposo está en peligro, Sara pide clemencia a los gritos, en polaco. La comunidad de Pilitz interpreta que pudo hablar por obra de un milagro y que, por lo tanto, Sara es una santa. Pilitzki le ofrece el cargo de administrador a Jacob. Esto enfurece a Gershon, que se aprovecha de su rol para engañar y robarle a los judíos del pueblo.
El trabajo de parto inicia poco antes de Yom Kippur. Para acelerar el nacimiento, que se demora mucho, las mujeres de Pilitz utilizan un método mágico: hacen que Sara tire, mediante un cordel, la puerta de la casa de estudios. El cordel se quiebra y las señoras interpretan que Sara va a morir. Ella, cansada de las habladurías, rompe el silencio para denunciar la hipocresía de sus compañeras. Los habitantes de Pilitz consideran que este cambio se debe a que Sara está poseída por un dibbuk, un demonio. Finalmente, se dan cuenta de la mentira y concluyen que se trata de una gentil.
Sara da a luz a la mañana siguiente y muere por la noche, en la víspera de Yom Kippur. La noche siguiente, unos soldados secuestran a Jacob, pero él se escapa y encuentra alojamiento en la casa de un barquero. Nuevamente, ve en sueños a Sara-Wanda, que se refiere a él como "esclavo mío" (p.213) y le pide que vaya a buscar a su bebé. Jacob se infiltra en Pilitz y descubre que enterraron a Sara lejos del cementerio judío, por su naturaleza gentil. Se reúne con su hijo y decide nombrarlo Benjamín, tal como bautiza el Jacob bíblico a su propio descendiente.
Dos décadas después, Jacob vuelve a Pilitz. Se asentó junto a Benjamín en Jerusalén, donde este ejerce como instructor y es padre de familia. Su retorno se debe a que desea llevarse los restos de Sara a Tierra Santa para que descanse allí. Sin embargo, al llegar descubre que el cementerio se extendió, y le resulta imposible encontrar la tumba de su difunta esposa. Durante su visita, Jacob se debilita muchísimo. Sorpresivamente, muere luego de pasar una noche en Pilitz. Cuando los sepultureros se disponen a cavar su tumba, dan casualmente con los restos de Sara, enterrados en ese exacto lugar. Los habitantes del pueblo "veían en el hecho la mano de la Providencia” (p.258). Por eso, resuelven enterrarlos juntos.
