Existen muchos trabajos académicos que consideran Las batallas en el desierto una novela histórica contemporánea. Desde una clasificación de géneros literarios, se propone que la novela histórica es una representación de las condiciones materiales de existencia que refleja una conciencia histórica determinada. Esto quiere decir que la novela histórica refleja las condiciones materiales de existencia y, a su vez, las condiciones simbólicas de la realidad social. En ese sentido, representa las narrativas con las que los sujetos sociales comprenden e interpretan su realidad y, por lo tanto, ilustra parte de la conciencia de una determinada época. Sin embargo, esta representación de un determinado periodo histórico no busca, necesariamente, la objetividad ni la relación de los hechos tal cual se los ha documentado, sino que puede tender a la distorsión consciente de la historia mediante omisiones, exageraciones y anacronismos, y esto es lo que puede observarse en la novela de Pacheco: la reconstrucción de un pasado histórico desde la recuperación de la mirada de un niño.
La novela presenta un narrador protagonista que se da a conocer como Carlos (o Carlitos, cuando se trata del narrador niño) y que cuenta con nostalgia un año determinado de su vida, aunque dice no recordar exactamente de qué año se trata. La elección del foco de la narración puede ser una estrategia para que el lector se contagie de la nostalgia del narrador-protagonista. Esta elección de centrar el relato en un determinado periodo histórico pero, al mismo tiempo, manifestar cierto olvido respecto de las fechas permite al narrador seleccionar aquello que quiere presentar al lector sin la necesidad de ser riguroso en cuanto a los datos históricos o de transformar su relato subjetivo en un recuento objetivo de la historia.
Sin embargo, puede afirmarse que Las batallas en el desierto contiene datos de índole histórica, por lo que se la puede clasificar en el rango de la novela histórica. Como señala María Cristina Pons en Memorias del olvido. La novela histórica de fines del siglo XX, “La reciente producción de novelas históricas se caracteriza por la relectura crítica y desmitificadora del pasado a través de la reescritura de la historia. Esta reescritura incorpora, más allá de los hechos históricos mismos, una explícita desconfianza hacia el discurso historiográfico en su producción de las versiones oficiales de la historia” (1996:16). En el caso de Las batallas en el desierto, se representan las ideologías de la época de un gobierno que en la historia se da a conocer como el promotor de una etapa importante para el pueblo mexicano, la modernización, que realmente favoreció solo a la gente con mayor poder económico. Es decir, tal como lo define María Cristina, en la novela se dan a conocer ciertos hechos del pasado que han quedado ocultos a través del tiempo para que determinados sectores no salgan perjudicados y, en ese aspecto, se trata de desmitificar una versión dominante de la historia.
Además, María Cristina menciona: “La novela histórica contemporánea tiende a presentar el lado anti heroico o anti épico de la historia; muchas veces el pasado histórico que recuperan no es el pasado de los tiempos gloriosos ni de los ganadores de la historia, sino el pasado de las derrotas y fracasos" (1996:17). Este tipo de recuperación del pasado es la que se propone en Las batallas en el desierto, pues se presenta, a través de la mirada de un niño y de las narrativas de los adultos, un personaje de la historia de México, Miguel Alemán Valdés, de quien se cuestiona su tan alabada gestión como presidente.
Finalmente, la propia derrota de Carlitos frente a las narrativas de los adultos y la puesta en duda de la existencia de Mariana al final de la novela contribuyen a la noción de la novela histórica contemporánea como un género que no busca representar el discurso oficial de la historia, sino que intenta revisar una época a la luz de los discursos menores que la Historia olvida y silencia.