Langue et identité
L’un des thèmes les plus importants de La dernière classe est la relation indissociable entre le langage et l’identité. Après avoir indiqué à ses élèves que le pouvoir prussien avait décrété que le français ne serait plus enseigné en Alsace et en Lorraine, M. Hamel leur explique l’importance de conserver leur langue. Avec un certain nationalisme, il leur dit que le français est la plus belle langue du monde. Il pense que les occupants remplacent le français par l’allemand pour effacer l’identité locale des habitants de la région, et de garantir que la région restera à long terme sous l’autorité de l’Empire allemand. Cela rendrait les habitants moins susceptibles de rester fidèles à la France. M. Hamel est convaincu qu’en conservant leur langue, les élèves possèderont la clé de leur prison, c’est-à-dire qu’ils continueront à se sentir Français.
L'importance de l'éducation
L’histoire aborde également l’importance de l’éducation dans la vie. Bien que Franz arrive en retard à l’école et redoute un contrôle qu’il n’a pas préparé, il s’intéresse soudainement à ses leçons lorsqu’il apprend que le français ne sera plus jamais enseigné. D’un coup, tous les autres élèves deviennent aussi diligents que lui : la salle de classe est pleine d'écoliers qui se concentrent sur leur calligraphie, au point que le seul son qu’entend Franz est celui des crayons qui grattent le papier. Même des habitants du village, qui n’avaient jusqu’ici pas particulièrement accordé beaucoup d’importance à l’école, sont venus assister à la dernière leçon de M. Hamel. Ils sont assis au fond de la classe en silence, comme s’ils assistaient à l’enterrement de l’éducation elle-même. Hamel réprimande gentiment ses élèves et les gens de la région qui n’ont pas fait attention à leur éducation et à l’apprentissage du français plus tôt, mais il finit par se dire qu’il n’aurait jamais pensé être un jour privé de la possibilité d’enseigner.
La disparition de la culture
L’ordre de Berlin d’enseigner l’allemand à la place du français est une tentative de suppression de la culture française. Les Prussiens croient qu’ils ont plus de chance d’intégrer l’ancienne région française dans l’Empire allemand s'ils remplacent la culture francophone locale par une culture germanophone. En effaçant progressivement la culture française de la région, les Prussiens espèrent que les Lorrains et les Alsaciens se sentiront plus rapidement allemands. Face à ce phénomène, Hamel demande à ses élèves de s’accrocher à leur langue et à leur histoire, car il sait que la seule façon de maintenir son identité culturelle est de ne jamais renoncer à l’usage de sa langue et à sa fierté nationale.
Le regret
Autre thème clé de La dernière classe, le regret affecte tous les personnages de l'histoire. Pour Franz, le regret prend la forme d'un monologue intérieur dans lequel il explique qu'il aurait aimé passer plus de temps à étudier au lieu de sécher l'école pour jouer dehors. M. Hamel regrette également de ne pas avoir réfléchi davantage à la manière dont il aurait pu faire participer des étudiants comme Franz, qu'il envoyait souvent arroser le jardin au lieu de lui dire de rester à son pupitre. L'instituteur regrette aussi d’avoir fait passer son envie d’aller pêcher avant l'éducation de ses élèves, prenant des congés et annulant l’école quand il le souhaitait. De même, le regret touche certains villageois assistant à la dernière leçon de M. Hamel, notamment Hauser, qui a les larmes aux yeux en lisant un livre avec les plus jeunes enfants. Tous les trois regrettent de ne pas avoir compris à quel point il était important d’apprendre le français avant qu'il ne soit trop tard.