Bruno, un joven que vive en Berlín durante el régimen nazi, llega a casa de la escuela un día para encontrar a la criada de su familia, María, empacando sus cosas. Cuando le pregunta a su madre qué está pasando, ella explica que el trabajo del padre de Bruno es la razón por la que todos están dejando su hogar en Berlín; alguien que Bruno conoce sólo como "el Furias" tiene planes para la carrera de su padre. El capítulo dos comienza con una comparación entre el antiguo hogar de Bruno en Berlín con su nueva vivienda. En contraste con la gran y hermosa casa de su familia en Berlín, la casa nueva tenía algo que hizo pensar a Bruno que allí nunca se reía nadie; que no había nada de qué reírse y nada de qué alegrarse" (13).
El capítulo tres presenta a Gretel, la hermana mayor de Bruno, tres años más grande, a quien se refiere como “un Problema Desde el Primer Día” (21). Bruno entra corriendo a la habitación de Gretel y la descubre arreglando sus muñecas alrededor de su cuarto. Ella está de acuerdo con Bruno en que su nueva situación de vida es horrible y le dice que el lugar se llama "Auchviz". Bruno le muestra a Gretel la escena desde la ventana de su habitación: hay niños, hombres y ancianos viviendo juntos en el lado opuesto de una valla que se extiende más allá de lo que ellos pueden ver. Después de que Gretel regresa a su habitación, Bruno continúa mirando a la gente por la ventana de su habitación y se da cuenta de que todos llevan lo mismo: "un pijama gris de rayas y una gorra gris de rayas" (38).
Bruno decide hablar con su padre, quien llegó a Auchviz unos días antes. Cuando Bruno pregunta cuándo pueden regresar a Berlín, su padre le pide que le dé una oportunidad a Auchviz porque será su hogar, "en el futuro previsible" (48). Antes de irse, Bruno le pregunta a su padre quiénes son los que están afuera de su ventana. Su padre le responde: "Esas personas ... bueno, es que no son personas, Bruno ... al menos no son lo que nosotros entendemos por personas" (53). Unos días más tarde, Bruno habla con María, con la esperanza de que ella esté de acuerdo con él en que Auchviz es un lugar horrible pero María evita decir algo negativo. Ella insinúa que no puede entender cómo un hombre tan bueno podría estar haciendo el trabajo de su padre en Auchviz.
Pasan varias semanas y Bruno se aburre en Auchviz, así que construye un columpio y un par de horas más tarde, se cae. Se lastima, raspando su rodilla. Pavel, uno de los presos en Auchviz que trabaja en la casa de la familia como mesero, ve todo y sale corriendo para ayudar a Bruno. Como su madre todavía no está en casa, Pavel limpia las heridas de Bruno en la cocina y le dice a Bruno que él solía ser médico. Cuando su madre llega a su casa, le dice a Bruno que vaya a su habitación y él escucha que le dice a Pavel: " Si el comandante pregunta algo, diremos que yo curé la herida de Bruno" (85).
Más que a Berlín, Bruno echa de menos a su abuelo y a su abuela. Su abuelo había tenido un restaurante en el centro de la ciudad, y su abuela había sido una cantante famosa. La última vez que los vio en Berlín, la abuela se indignó por el ascenso de trabajo del padre. Ella salió furiosa de su casa, y Bruno no la ha visto desde entonces. Decide escribirle una carta desde Auchviz, diciéndole lo infeliz que está en su nuevo hogar y cuánto la extraña.
El padre decide contratar a un tutor llamado Herr Liszt, para Gretel y Bruno. Herr Liszt se especializa en el estudio de la historia y geografía, ninguna de las dos le interesan a Bruno, pero el tutor insiste en que él aprenda acerca de "La Patria" (98). Unos días más tarde, Bruno tiene ganas de ir a explorar y decide caminar a lo largo de la cerca lo más que se puede, aunque su madre y su padre le han dicho muchas veces que explorar está prohibido en Auchviz. Justo cuando empieza a sentir hambre y comienza a pensar en darse la vuelta, ve a un niño pequeño al otro lado de la cerca, vistiendo el pijama de rayas que usan todas las personas al otro lado de la cerca. Bruno está "seguro de que nunca había visto a un niño más flaco o más triste en su vida" (107). Bruno entabla una conversación con el niño, cuyo nombre es Shmuel, sentado en su propio lado de la valla para poder hablar a través de ella.
Shmuel es de Polonia y Bruno le dice que "Alemania es el mejor de todos los países ... Somos superiores" (112), pero incluso mientras dice esto, se da cuenta de que sus palabras suenan groseras.
El capítulo once toma la forma de un flashback hasta hace unos meses antes, cuando la familia de Bruno todavía vivía en Berlín. Una noche, el Furias fue a cenar a su casa con una amable mujer llamada Eva. Después de que el Furias y Eva se fueran, Bruno escuchó la conversación de sus padres sobre dejar Berlín. Días más tarde, llegó a casa desde la escuela para encontrar a María empacando sus pertenencias.
El capítulo doce se enfoca en la conversación previa de Bruno y Shmuel desde los lados opuestos de la valla. Shmuel explica cómo llegó a vivir en Auchviz. A su familia le dijeron que tenían que mudarse a una parte diferente de Cracovia, en el lado malo de una pared que los soldados construyeron, todos apretujados en una habitación con otra familia. Un día, los soldados llegaron y lo pusieron a él y a todos los que vivían cerca en enormes camiones, y más tarde en un tren sin puertas. Shmuel le dice a Bruno que hay cientos de otros muchachos en su lado de la valla, y Bruno reitera su sensación de que es injusto para él no tener a nadie con quien jugar de su lado. Pasan las semanas y Bruno visita regularmente a su nuevo amigo Shmuel.
Una noche, el teniente Kotler se une a la familia de Bruno para cenar. El teniente Kotler menciona que su padre era profesor de literatura en la universidad, pero que salió de Alemania para Suiza en 1938. Esta información avergüenza al teniente Kotler y le molesta a su padre, quien comenta con sospecha que es "extraño que no haya elegido permanecer en la Patria "(146). Pavel saca una nueva botella de vino y accidentalmente la derrama sobre el teniente Kotler porque le tiemblan las manos. El teniente Kotler reacciona muy enojado y violentamente, aunque los detalles de sus acciones contra Pavel no se revelan. Bruno se va a la cama extremadamente molesto por lo que le pasó a Pavel.
En un día lluvioso, Bruno accidentalmente le menciona Shmuel a Gretel, pero rápidamente lo cubre y le explica que Shmuel es el nombre de su amigo imaginario. La lluvia continúa y continúa durante semanas, durante las cuales Bruno no puede reunirse con Shmuel tanto como él quisiera. La madre está planeando una fiesta de cumpleaños para su padre y el teniente Kotler está pasando mucho tiempo en la casa con ella; están teniendo una aventura. El día antes de la fiesta, Bruno encuentra a Shmuel en la cocina; el Teniente Kotler lo trajo allí porque sus manos eran lo suficientemente pequeñas para pulir las copas para la fiesta de cumpleaños de su padre. Bruno comienza a servirse un pollo que estaba en el refrigerador y cuando ve a Shmuel mirando la comida, le ofrece a su amigo un poco. El teniente Kotler regresa y acusa a Shmuel de robarse la comida. Cuando Shmuel le dice que Bruno se lo dio y que Bruno es su amigo, éste se asusta y lo niega. Bruno sale de la cocina sintiéndose increíblemente culpable por haber traicionado a su amigo. Durante casi una semana, Shmuel no vuelve a encontrarse con él en la cerca y cuando finalmente regresa, su rostro está cubierto de hematomas. Bruno se disculpa por decepcionarlo y dice que está avergonzado de sí mismo. Shmuel sonríe y lo perdona, levantando la cerca para que pueda darle la mano.
La familia recibe noticias de que la abuela murió, por lo que regresan a su antiguo hogar en Berlín durante dos días para asistir al funeral. Los dos días son tan tristes que Bruno casi se siente aliviado de regresar a Auchviz. El teniente Kotler fue repentinamente transferido a un lugar fuera de Auchviz, coincidiendo con una gran pelea entre la madre y el padre. Bruno decide preguntarle a Gretel por qué él y Shmuel tienen que vivir en lados opuestos de la valla. Ella le explica que la gente al otro lado de la valla es judía y que la cerca está allí para evitar que salgan y se mezclen con cualquier otra persona. Cuando Bruno le pregunta qué es él y su familia, si no son judíos, ella simplemente dice que son "lo opuesto" (183). Mientras están hablando, nos enteramos de que Gretel y Bruno tienen piojos. Ellos tratan su cabello con un champú especial, pero luego su padre insiste en que Bruno se afeite todo el cabello; Bruno nota que esto lo hace parecerse aún más a Shmuel. Unas semanas más tarde, el padre llama a Gretel y Bruno a su oficina y les dice que el Furias no le relevará de su comando, pero que su madre quiere volver a Berlín inmediatamente. Comienzan los preparativos para que su madre, Gretel y Bruno puedan regresar a Berlín esa semana, pero Bruno está nervioso por contarle las noticias a Shmuel.
Bruno le dice a Shmuel que regresará a Berlín. Shmuel entristecido por esta noticia, le sugiere que vaya al otro lado de la valla. Decidieron que al día siguiente, Shmuel le traería un par de pijamas de rayas, y él se escabulliría al otro lado de la valla para ayudar a Shmuel a buscar a su padre. El día siguiente el clima es lluvioso y lodoso, pero Bruno va a encontrarse con Shmuel, que ha traído un par de pijamas de rayas sucias. Él le pasa el pijama por debajo de la cerca a Bruno, quien cuidadosamente se las pone, dejando su propia ropa en una pila de barro. Shmuel levanta la valla y Bruno se desliza debajo de ella, ensuciándose bastante en el proceso. En contraste con lo que Bruno había imaginado, la gente del otro lado de la valla está de pie o sentada, "con una expresión terriblemente triste" (207). Son todos muy flacos y se han afeitado la cabeza, lo que le hace asumir a Bruno que también han tenido piojos. Los chicos pasan una hora y media buscando pruebas de a dónde podría haber ido el padre de Shmuel. No encuentran nada, cosa que Shmuel esperaba, y Bruno dice nuevamente que debería irse a casa. En ese momento, los soldados rodean a las personas que rodean a Bruno y Shmuel. Shmuel le asegura a Bruno que "sucede a veces ... hacen que la gente vaya a marchas" (210). Así como Bruno comienza a perder la paciencia y decide que realmente debe irse a casa porque tiene demasiado frío, el grupo entra en una habitación cálida y hermética. Bruno se disculpa con Shmuel porque no pudieron encontrar a su padre y le dice que él es su "mejor amigo" (213). En ese momento, la gente en la sala se queda sin aliento cuando la puerta se cierra de golpe. La habitación se vuelve oscura y caótica, pero Bruno y Shmuel continúan tomados de la mano.
Los soldados buscan a Bruno durante días antes de que descubran en la valla su ropa y sus botas apiladas. El padre va a verlos, pero no puede entender qué le sucedió a su hijo. Su madre y Gretel se quedan en Auchviz por algunos meses esperando noticias de Bruno. Un día, su madre tiene la repentina idea de que podría haber regresado a su casa en Berlín, así que se apresura a regresar con Gretel, pero no encuentra a Bruno allí. Durante el siguiente año, el padre se molesta mucho con todos los soldados en Auchviz.
Finalmente, regresa al lugar donde se encontró la ropa de su hijo y nota la apertura en la cerca. Se da cuenta de lo que debe haber sucedido, y unos meses más tarde es despedido de su puesto en Auchviz y se lo llevan los soldados.
