Holden Caulfield, el narrados de El Guardián entre el Centeno, comiénzala historia dejando en claro que no tiene la intención de que la novela sirva como una autobiografía. Actualmente Holden está bajo cuidado psiquiátrico y comienza contando lo que le ocurrió la Navidad pasada. Esta historia forma la base de la novela. Al comienzo de la historia, Holden es un estudiante irresponsable e inmaduro en la escuela preparatoria Pencey. Después de ser expulsado por reprobar cuatro de sus cinco materias, Holden va a visitar al señor Spencer, su maestro de historia. El señor Spencer le dice que tiene que darse cuenta de que “la vida es una partida” y cada uno debe de vivir de acuerdo con “las reglas del juego.” Sin embargo, Holden, quien ya ha sido expulsado de cuatro escuelas privadas, no presta mucha atención a este consejo.
Holden regresa a su dormitorio donde se encuentra con Robert Ackley, un fastidioso estudiante con una complexión terrible y quien no deja a Holden en paz, y también encuentra a su compañero de cuarto Ward Stradlater. Stradlater es un muchacho consentido y arrogante que le pide a Holden escribir un ensayo de Ingles por él. Stradlater se prepara para una cita con Jane Gallaguer, una amiga de Holden desde hace unos veranos anteriores. Mientras tanto, Holden se marcha con Ackley y Mal Brossard a ver una película en la ciudad de Nueva York. Cuando Holden regresa escribe el ensayo de Stradlater. El ensayo se trata sobre el guante de béisbol de su hermano. Holden entonces relata como su hermano Allie murió de leucemia varios años atrás y de cómo Holden rompió todas las ventanas de su cochera en un ataque de rabia la noche que Allie murió.
Cuando Stradlater regresa, él se molesta con Holden por escribir un ensayo que él piensa es muy malo y esto lleva a Holden a romper el papel. Holden le pregunta a Stradlater sobre su cita con Jane y cuando Stradlater sugiere que tuvieron sexo, Holden se enfurece e intenta golpear a Stradlater. Stradlater rápidamente lo domina y lo derriba con un golpe. Después de esto, Holden decide dejar Pencey esa noche y no esperar hasta el Miércoles. Holden se va a la ciudad de Nueva York donde se quedara en un hotel antes de regresar a su casa.
En el tren a Nueva York, Holden se sienta al lado de la madre de Ernest Morrow, otro estudiante de Pencey. Diciéndose llamar Rudolf Schmidt (el nombre del conserje de la escuela), Holden le miente a la señora Morrow sobre lo popular que es su hijo Ernest en Pencey. En realidad, todos los chicos odian a Ernest. Holden invita a la señora Morrow a tomarse un trago con él. Cuando Holden llega a la ciudad, él no sabe a quién llamar. Holden considera llamar a su hermana menor, Phoebe, al igual que a Jane Gallagher y a otra amiga llamada Sally Hayes. Finalmente decide quedarse en el hotel Edmond.
Desde su ventana, Holden puede ver a otros huéspedes del hotel, incluyendo a un travestí y a una pareja que se escupe bebidas mutuamente, lo que lleva a Holden a pensar en el sexo. Holden decide llamar a Faith Cavendish, una ex bailarina exótica y supuesta prostituta, pero ella rechaza su invitación. Después de esto, Holden decide bajar al salón Malva, un club de baile dentro del hotel, donde allí baila con Bernice Krebs, una turista rubia de Seattle que está allí con varios amigos. Holden considera que los turistas son patéticos por su entusiasmo hacia las diferentes atracciones de la ciudad.
Después de marcharse del salón Malva, Holden decide irse a un club de baile llamado Ernie, en la colonia de Greenwich Village donde su hermano D.B. solía ir antes de irse a Hollywood. Holden se marcha poco después de llegar cuando ve a la ex novia de su hermano, Lillian Simmons, quien le cae muy mal. Holden camina de regreso hacia el hotel donde Maurice, el trabajador del elevador, le ofrece pasar la noche con una prostituta. Holden acepta. Holden se pone nervioso y se arrepiente cuando la prostituta Sunny llega, y decide no tener sexo con ella. Aun así, Sunny demanda diez dólares, pero Holden solo cree deberle cinco debido a que este fue el trato con Maurice. Sunny y Maurice vuelven y demandan los otros cinco dólares. Holden discute con ellos pero Maurice lo amenaza mientras Sunny roba el dinero. Maurice lo golpea en el estómago antes de irse. Holden entonces se imagina disparándole en el estómago a Maurice y hasta saltando de la ventana para cometer suicido.
Holden le llama a Sally Hayes para almorzar juntos. Holden deja sus maletas en un casillero de la Terminal Grand Central para así no tener que volver al hotel y toparse con Maurice. En la terminal, Holden habla con dos monjas sobre Romeo y Julieta e insiste en darles una donación. Holden compra un álbum para Phoebe y se siente deprimido cuando escucha a niños cantar, “Si un cuerpo coge a otro cuerpo, cuando van entre el centeno.” Holden se encuentra con Sally e inmediatamente se quiere casar con ella, aunque ella no le agrade mucho a él.
Holden y Sally van a ver un espectáculo de los Lunts, algo que Holden cree que le gustará a Sally ya que parece muy sofisticado. Después del espectáculo, Sally continua hablando sobre un chico de Andover que esta allí y que ella conoce y Holden le responde diciéndole que vaya con él y le dé “un beso bien fuerte.” Mientras Sally habla con este chico de Andover, Holden le molesta lo falsa que parece su conversación. Holden y Sally van a patinar y después almuerzan juntos. Durante el almuerzo, Holden se queja de estar cansado de todo a su alrededor y sugiere que Sally y él se escapen juntos hacia Nueva Inglaterra, donde pueden vivir juntos en una cabaña en el bosque. Cuando Sally rechaza la idea, Holden le dice que ella lo hace sentir como “cien patadas” y ella comienza a llorar.
Después de su cita, Holden llama a su amigo Carl Luce, quien conoció en la escuela de Whooton y quien es un estudiante en la universidad de Columbia, y ellos deciden verse en el Wicker Bar. Carl se molesta con Holden por tener una conversación “típica” de él– una que tiene que ver con el sexo– y entonces le sugiere que vea a un psiquiatra. Holden se queda en el bar y se emborracha para después irse a caminar por el Parque Central. Holden casi se pone a llora cuando rompe accidentalmente el álbum de Phoebe. Holden cree que morirá de neumonía.
Pensando que morirá pronto, Holden regresa a ver a Phoebe, tratando de evitar a sus padres. Holden la despierta pero ella se preocupa cuando escucha que Holden ha sido expulsado de Pencey. Phoebe le dice a Holden que su padre lo matará. Holden le dice a Phoebe que tal vez se irá a un rancho en Colorado, pero Phoebe tacha de tonta su propuesta. Cuando Holden se queja de la falsedad de Pencey, Phoebe le pregunta si de verdad algo le agrada en el mundo. Holden le dice que Allie le agradaba, y también piensa como le agradaron las monjas en la terminal y un chico en Elkton Hills que se suicidó. Holden le dice a Phoebe que le gustaría ser el “guardián entre el centeno,” y se imagina parado al borde de un precipicio mientras que los niños juegan alrededor de él. Holden saldría de repente y rescataría a los niños que están a punto de caerse del precipicio.
Cuando sus padres vuelven a casa, Holden se escapa para quedarse con el señor Antolini, su antiguo maestro de Inglés en la escuela de Elkton Hills. El señor Antolini le dice a Holden que este va en rumbo a una gran caída y que parece ser el tipo de persona que muere noblemente por una causa que no vale la pena. Usando las palabras de Wilhelm Stekel le dice: “Lo que distingue al hombre insensato del sensato es que el primero ansia morir orgullosamente por una causa, mientras que el segundo aspira a vivir humildemente por ella.” Holden se queda a dormir en el sofá. Cuando Holden despierta, el señor Antolini tiene su mano sobre la cabeza de Holden. Holden inmediatamente interpreta esto como un avance sexual y decide marcharse. Holden le dice al señor Antolini que tiene que ir a recoger sus maletas de la Terminal Grand Central, pero volverá pronto.
Sin embargo, Holden pasa la noche en la Terminal Grand Central y le manda una nota a Phoebe a su escuela pidiéndole que se vean a la hora del almuerzo. Holden se vuelve más y más consternado y delirante, creyendo que morirá cada vez que cruza una calle. Holden se desmaya después de sufrir diarrea. Cuando se encuentra con Phoebe, ella le dice que quiere ir con él y se enoja cuando Holden le dice que no. Holden le compra a Phoebe un boleto para subirse al carrusel del zoológico y mientras la mira él comienza a llorar.
Holden termina allí su historia. Se niega a contar que fue lo que pasó después y como se enfermó. Holden dice que las personas a su alrededor están preocupadas por él y por su capacidad de salir adelante el próximo año. Holden termina la historia diciendo que extraña a Stradlater, Ackley y hasta a Maurice.