Une autorité impénétrable
Thème le plus important du roman, l’autorité impénétrable du tribunal est une source constante de détresse et de confusion pour K. Bien qu’il fasse tout pour découvrir qui est le tribunal qui le poursuit et quel est le crime qui lui est reproché, K. est forcé de constater que toute tentative pour comprendre le fonctionnement du tribunal est futile et vouée à l’échec. Le tribunal préserve son autorité sur les accusés en ne leur dévoilant aucun élément sur leur dossier, en n’ayant pas de siège central et en dissimulant les hauts-fonctionnaires aux employés en contact avec le public. Le système judiciaire finit par avoir raison des efforts de K., quand bien même il n’existerait aucun élément contre lui.
La bureaucratie
L’un des autres thèmes principaux du roman est l'oppressante bureaucratie du tribunal. K. explique que le pouvoir du tribunal est en partie dû au fait que les employés ne savent pas pour qui ils travaillent et n’ont pas de comptes à rendre aux administrés. Ils sont contraints d’exécuter les ordres de leurs supérieurs et n’ont aucun pouvoir d’initiative. Le système opprime tout autant K. que les autres accusés et les fonctionnaires subalternes.
Une réalité onirique
Tout au long du Procès, plusieurs évènements paraissent relever plus du rêve que de la réalité. Ainsi, K. constate fréquemment que des personnes ou des objets apparaissent brutalement, mais il ne se pose pas plus de questions que cela et est bien prompt à faire comme s’ils avaient toujours été là. Le fait de devoir constamment assimiler de nouvelles informations, de nouveaux comportements, de nouveaux objets, sans les remettre en question, fait penser à la façon dont le rêveur accepte tout ce qu’il se passe sans réaliser que la réalité est déformée.
L’obéissance
Étant donné l’étendue des pouvoirs du tribunal, il semblerait que le seul comportement possible soit de lui obéir. Tous les personnages que rencontre K. lui disent qu’ils ne savent pas réellement comment fonctionne le tribunal mais qu’ils lui obéissent quand même. Par exemple, les deux gardes qui ont arrêté K. le jour de son anniversaire ne savent pas lui dire pourquoi il est arrêté, mais ils supposent que ça n’a pas d’importance car le tribunal a toujours raison. De même, Mme Grubach ne comprend pas les détails de l’affaire de K. mais considère que c’est de sa faute, car elle n’est pas assez éduquée, et non de celle du tribunal qui maintient les citoyens dans l’ignorance.
La futilité
K. réalise peu à peu au cours du roman que toutes ses tentatives d’influencer l’issue de son procès s’avèrent aussi vaines les unes que les autres. Non seulement ses efforts ne mènent à rien, mais tous les personnages qu’il rencontre lui disent qu’il est impossible d’influencer le tribunal : Willem et Franz lui disent qu’il y a forcément une bonne raison à son arrestation, Titorelli lui avoue qu’il n’a jamais vu un accusé être relaxé, et Leni lui conseille de se confesser, bien qu’il n’ait rien à se reprocher. Le thème de la futilité se retrouve également dans la parabole de la Loi, qui raconte l’histoire d’un homme qui a attendu toute sa vie pour franchir la porte de la Loi puis se rend compte que cette attente n’aura servi à rien.
La luxure
Plusieurs personnages féminins tentent de séduire K., ou sont l’objet de sa convoitise. Bien que K. admette qu’il n’est pas particulièrement intéressé par Mlle Bürstner, il reste tard dans sa chambre et l’embrasse passionnément. De même, lorsque K. se rend au tribunal une semaine après sa première audience, il est attiré par une laveuse, comme le sont le juge d'instruction et un étudiant en droit. Chez Huld, K. rencontre Leni, qui est immédiatement attirée par lui. Bien que le thème de la luxure ne soit pas plus explicité dans le livre, c’est l’acte le plus moralement répréhensible auquel se livre K., ce qui laisse penser que le crime qui lui est reproché pourrait avoir une connotation sexuelle.
La distraction
Bien que K. ne soit pas emprisonné après son arrestation, il est trop distrait pour vaquer à ses occupations comme si de rien n’était. Il a beau souhaiter ignorer le procès qui l’attend, des rumeurs circulent et sa famille et ses clients lui posent des questions. Le procès le distrait de ses dossiers à la banque et fait qu’il ne voit plus Elsa, qu’il avait l'habitude de fréquenter toutes les semaines. En fin de compte, K. n’est peut-être pas détenu dans une geôle, mais il est prisonnier de son propre esprit.
Justice et injustice
K. est-il innocent ou coupable ? A-t-il commis un crime, et si oui, lequel ? Que veut dire être coupable dans un système où rien n'a de sens ? Le Procès invite le lecteur à se poser ces questions tout au long du roman, comme K. Cela nous invite aussi à réfléchir aux valeurs de nos systèmes de justice actuels.