Las dos historias abordan la angustia y la inseguridad intelectual y emocional, al igual que la obra más famosa de Salinger, El guardián entre el centeno. Ambos libros provocaron un gran impacto en la generación de los años 60, aunque con el tiempo Franny y Zooey haya sido desplazado por la excepcional fama de El guardián entre el centeno.
Franny busca un escape metafísico para trascender a las cosas cotidianas con las que no se siente a gusto, pero se da cuenta de que está bloqueada emocionalmente y sufre una crisis nerviosa. Su situación es común a la de muchos jóvenes, lo que hizo que el libro fuera leído por grandes audiencias en su momento.
El conocido interés de Salinger por la filosofía religiosa oriental, particularmente con el budismo Zen y el hinduismo está presente durante todo el libro, sobre todo en una parte de Zooey que incluye citas textuales de textos espirituales reales. Gerald Rosen, en su libro Zen in the Art of J. D. Salinger afirma que Franny y Zooey puede ser interpretado como un cuento zen moderno, con su protagonista Franny progresando a lo largo de la historia desde un estado de ignorancia hasta la sabiduría del esclarecimiento.
